Das Saumriff von Gili Air beginnt drei Meter vom Ufer entfernt — eine Mondsichel aus Geweihkorallen, Fächerkorallen und Tischformationen, die etwa zwei Kilometer lang parallel zu den östlichen und südlichen Küsten der Insel verläuft. Der Riffkamm liegt in so flachem Wasser, dass man stehen kann, während der äußere Hang auf zwanzig Meter abfällt, wo größere pelagische Fische am Steilhang patrouillieren. Seit 2004, als der Gili Eco Trust die ersten Bio-Rock-Strukturen installierte, wird das Riff aktiv restauriert; mehr als fünfzig Metallrahmen unterstützen nun transplantierte Korallen, deren Oberflächen von Polypen besiedelt sind, die dreimal schneller wachsen als auf natürlichem Substrat. Grüne Meeresschildkröten und Echte Karettschildkröten nisten zwischen April und September an den Stränden von Gili Air, und Jungtiere suchen das ganze Jahr über in den Seegraswiesen, die das Riff säumen, nach Nahrung. Die Schildkrötenpopulation der Insel erholte sich nach dem Jahr 2000, als die lokalen Gemeinden das Eiersammeln verboten und eine Aufzuchtstation an der Nordküste errichteten. Besucher, die zwischen 08:00 und 11:00 Uhr in den südlichen Flachwasserzonen schnorcheln, begegnen regelmäßig Schildkröten, die an algenbewachsenen Felsen grasen. Die Dichte ist am höchsten in der Nähe des schwimmenden Pontons südlich des Hafens, wo Strömungen nährstoffreiches Wasser aus der Lombokstraße herbeiführen. Im Jahr 2018 versenkte der britische Bildhauer Jason deCaires Taylor achtundvierzig lebensgroße menschliche Figuren auf dem Meeresboden nordwestlich des Hafens von Gili Air. Die Installation „The Nest“ – achtundvierzig Figuren in konzentrischen Kreisen angeordnet – befindet sich auf fünfzehn Metern Tiefe und dient als künstliches Riff. Weichkorallen, Schwämme und junge Fische haben die Oberflächen der Skulpturen besiedelt. Die Stätte ist nur mit dem Boot erreichbar und erfordert fortgeschrittene Schwimmkenntnisse; starke östliche Strömungen fegen am Nachmittag durch den Kanal zwischen Gili Air und Gili Meno. Die meisten Gili Air Schnorchel-Touren legen zwischen 07:00 und 09:00 Uhr vom Hauptsteg ab, wenn die Sichtweite mehr als zwanzig Meter beträgt und die Windgeschwindigkeiten unter zehn Knoten bleiben. Die Insel-Hopping-Routen halten an der Westwand von Gili Meno und am nördlichen Plateau von Gili Trawangan, wo sich Mantarochen während der Trockenzeit von Mai bis Oktober in der Nähe von Putzstationen versammeln. Glasbodenboote ermöglichen es Nichtschwimmern, das Riff zu beobachten, ohne ins Wasser zu gehen. Die Meeresschutzzone verbietet das Fischen und Ankern in einem Umkreis von fünfhundert Metern um den Riffkamm; vom Gili Eco Trust installierte Bojen schützen die Korallen vor Ankerschäden.