El arrecife marginal de Gili Air comienza a tres metros de la orilla: una media luna de coral cuerno de ciervo, abanicos de mar y formaciones de mesa que recorre las costas este y sur de la isla durante aproximadamente dos kilómetros. La cresta del arrecife se encuentra en aguas lo suficientemente poco profundas como para ponerse de pie, mientras que la pendiente exterior desciende a veinte metros donde los pelágicos más grandes patrullan el talud. Desde 2004, cuando el Gili Eco Trust instaló las primeras estructuras de biorroca, el arrecife ha estado en restauración activa; más de cincuenta estructuras metálicas sostienen ahora corales trasplantados, cuyas superficies están colonizadas por pólipos que crecen tres veces más rápido que en el sustrato natural. Las tortugas verdes y carey anidan en las playas de Gili Air entre abril y septiembre, y los ejemplares juveniles se alimentan durante todo el año en los lechos de pastos marinos que bordean el arrecife. La población de tortugas de la isla repuntó después del año 2000, cuando las comunidades locales prohibieron la recolección de huevos y establecieron un criadero en la costa norte. Los visitantes que practican esnórquel en las aguas poco profundas del sur entre las 08:00 y las 11:00 se encuentran regularmente con tortugas pastando sobre rocas cubiertas de algas. La densidad es mayor cerca del pontón flotante al sur del puerto, donde las corrientes transportan agua rica en nutrientes desde el estrecho de Lombok. En 2018, el escultor británico Jason deCaires Taylor sumergió cuarenta y ocho figuras humanas de tamaño natural en el lecho marino al noroeste del puerto de Gili Air. La instalación The Nest —cuarenta y ocho figuras dispuestas en círculos concéntricos— se encuentra a quince metros y sirve como arrecife artificial. Corales blandos, esponjas y peces juveniles han colonizado las superficies de las esculturas. El sitio solo es accesible en barco y requiere una habilidad de nado intermedia; fuertes corrientes hacia el este barren el canal entre Gili Air y Gili Meno durante la tarde. La mayoría de los operadores de tours de esnórquel en Gili Air salen del muelle principal entre las 07:00 y las 09:00, cuando la visibilidad supera los veinte metros y la velocidad del viento se mantiene por debajo de los diez nudos. Los itinerarios de varias islas hacen paradas en la pared oeste de Gili Meno y la meseta norte de Gili Trawangan, donde las mantarrayas se congregan cerca de las estaciones de limpieza durante la temporada seca de mayo a octubre. Los barcos con fondo de cristal permiten a quienes no saben nadar observar el arrecife sin entrar al agua. La zona de conservación marina prohíbe la pesca y el anclaje a menos de quinientos metros de la cresta del arrecife; las boyas de amarre instaladas por el Gili Eco Trust protegen el coral de daños causados por anclas.