Le récif frangeant de Gili Air débute à trois mètres du rivage — un croissant de corail corne de cerf, de gorgones et de formations en plateau qui longe les côtes est et sud de l'île sur environ deux kilomètres. La crête du récif se situe dans des eaux assez peu profondes pour y avoir pied, tandis que la pente extérieure descend jusqu'à vingt mètres où des pélagiques plus grands patrouillent le tombant. Depuis 2004, date à laquelle le Gili Eco Trust a installé les premières structures de bio-rock, le récif fait l'objet d'une restauration active ; plus de cinquante structures métalliques supportent désormais des coraux transplantés, leurs surfaces colonisées par des polypes qui poussent trois fois plus vite que sur un substrat naturel. Les tortues vertes et imbriquées nichent sur les plages de Gili Air entre avril et septembre, et les juvéniles se nourrissent toute l'année dans les herbiers marins qui bordent le récif. La population de tortues de l'île a rebondi après 2000, lorsque les communautés locales ont interdit la récolte des œufs et établi un centre d'incubation sur la côte nord. Les visiteurs pratiquant le snorkeling dans les eaux peu profondes du sud entre 08:00 et 11:00 rencontrent régulièrement des tortues broutant les algues sur les rochers. La densité est la plus élevée près du ponton flottant au sud du port, où les courants apportent des eaux riches en nutriments depuis le détroit de Lombok. En 2018, le sculpteur britannique Jason deCaires Taylor a immergé quarante-huit figures humaines grandeur nature sur le fond marin au nord-ouest du port de Gili Air. L'installation The Nest — quarante-huit personnages disposés en cercles concentriques — se situe à quinze mètres de profondeur et sert de récif artificiel. Des coraux mous, des éponges et des poissons juvéniles ont colonisé la surface des sculptures. Le site est uniquement accessible par bateau et nécessite un niveau de natation intermédiaire ; de forts courants vers l'est balayent le canal entre Gili Air et Gili Meno durant l'après-midi. La plupart des opérateurs de tours de snorkeling à Gili Air partent de la jetée principale entre 07:00 et 09:00, lorsque la visibilité dépasse vingt mètres et que la vitesse du vent reste inférieure à dix nœuds. Les itinéraires multi-îles font escale au mur ouest de Gili Meno et au plateau nord de Gili Trawangan, où les raies manta se rassemblent près des stations de nettoyage pendant la saison sèche de mai à octobre. Les bateaux à fond de verre permettent aux non-nageurs d'observer le récif sans entrer dans l'eau. La zone de conservation marine interdit la pêche et le mouillage à moins de cinq cents mètres de la crête récifale ; des bouées d'amarrage installées par le Gili Eco Trust protègent le corail des dommages causés par les ancres.