La barriera corallina di Gili Air inizia a tre metri dalla riva: una mezzaluna di corallo staghorn, gorgonie e formazioni tabulari che costeggia le coste orientale e meridionale dell'isola per circa due chilometri. La cresta della barriera si trova in acque abbastanza basse da poter stare in piedi, mentre il pendio esterno scende fino a venti metri dove pelagici più grandi pattugliano il ciglio della scogliera. Dal 2004, quando il Gili Eco Trust ha installato le prime strutture di bio-rock, la barriera corallina è in fase di restauro attivo; più di cinquanta telai metallici sostengono ora coralli trapiantati, le cui superfici sono colonizzate da polipi che crescono tre volte più velocemente rispetto al substrato naturale. Le tartarughe verdi e embricate nidificano sulle spiagge di Gili Air tra aprile e settembre, e gli esemplari giovani si nutrono tutto l'anno tra le praterie di fanerogame che costeggiano la barriera corallina. La popolazione di tartarughe dell'isola si è ripresa dopo il 2000, quando le comunità locali hanno vietato la raccolta delle uova e stabilito un vivaio sulla costa settentrionale. I visitatori che fanno snorkeling nei bassi fondali meridionali tra le 08:00 e le 11:00 incontrano regolarmente tartarughe che pascolano sulle rocce ricoperte di alghe. La densità è maggiore vicino al pontile galleggiante a sud del porto, dove le correnti trasportano acque ricche di nutrienti dallo Stretto di Lombok. Nel 2018, lo scultore britannico Jason deCaires Taylor ha immerso quarantotto figure umane a grandezza naturale sul fondale a nord-ovest del porto di Gili Air. L'installazione The Nest — quarantotto figure disposte in cerchi concentrici — si trova a quindici metri di profondità e funge da barriera artificiale. Coralli molli, spugne e pesci giovani hanno colonizzato le superfici delle sculture. Il sito è accessibile solo in barca e richiede una capacità natatoria intermedia; forti correnti orientali attraversano il canale tra Gili Air e Gili Meno durante il pomeriggio. La maggior parte degli operatori turistici di snorkeling a Gili Air parte dal molo principale tra le 07:00 e le 09:00, quando la visibilità supera i venti metri e la velocità del vento rimane al di sotto dei dieci nodi. Gli itinerari multi-isola includono tappe presso la parete occidentale di Gili Meno e l'altopiano settentrionale di Gili Trawangan, dove le mante si radunano vicino alle stazioni di pulizia durante la stagione secca da maggio a ottobre. Le barche con fondo di vetro permettono ai non nuotatori di osservare la barriera corallina senza entrare in acqua. La zona di conservazione marina proibisce la pesca e l'ancoraggio entro cinquecento metri dalla cresta della barriera; le boe di ormeggio installate dal Gili Eco Trust proteggono il corallo dai danni causati dalle ancore.