O recife marginal de Gili Air começa a três metros da costa — um crescente de coral chifre-de-veado, gorgônias e formações de mesa que margeia as costas leste e sul da ilha por aproximadamente dois quilômetros. A crista do recife fica em águas rasas o suficiente para ficar de pé, enquanto a encosta externa desce até vinte metros, onde peixes pelágicos maiores patrulham o declive. Desde 2004, quando o Gili Eco Trust instalou as primeiras estruturas de bio-rocha, o recife tem passado por uma restauração ativa; mais de cinquenta estruturas metálicas agora sustentam corais transplantados, suas superfícies colonizadas por pólipos que crescem três vezes mais rápido do que no substrato natural. Tartarugas verdes e de pente fazem ninhos nas praias de Gili Air entre abril e setembro, e os juvenis alimentam-se durante todo o ano nos bancos de ervas marinhas que margeiam o recife. A população de tartarugas da ilha recuperou-se após 2000, quando as comunidades locais proibiram a coleta de ovos e estabeleceram um incubatório na costa norte. Visitantes que fazem mergulho nas águas rasas do sul entre 08:00 e 11:00 encontram regularmente tartarugas pastando em rochas cobertas de algas. A densidade é maior perto do pontão flutuante ao sul do porto, onde as correntes trazem águas ricas em nutrientes do Estreito de Lombok. Em 2018, o escultor britânico Jason deCaires Taylor submergiu quarenta e oito figuras humanas em tamanho real no fundo do mar a noroeste do porto de Gili Air. A instalação The Nest — quarenta e oito figuras dispostas em círculos concêntricos — situa-se a quinze metros e serve como um recife artificial. Corais moles, esponjas e peixes juvenis colonizaram as superfícies das esculturas. O local é acessível apenas por barco e requer habilidade de natação intermediária; fortes correntes em direção ao leste cruzam o canal entre Gili Air e Gili Meno durante a tarde. A maioria dos operadores de mergulho em Gili Air parte do píer principal entre 07:00 e 09:00, quando a visibilidade excede vinte metros e a velocidade do vento permanece abaixo de dez nós. Roteiros entre ilhas param na parede oeste de Gili Meno e no planalto norte de Gili Trawangan, onde raias-jamanta se reúnem perto de estações de limpeza durante a estação seca de maio a outubro. Barcos com fundo de vidro permitem que não nadadores observem o recife sem entrar na água. A zona de conservação marinha proíbe a pesca e a ancoragem a menos de quinhentos metros da crista do recife; boias de amarração instaladas pelo Gili Eco Trust protegem o coral contra danos causados por âncoras.